Die Alz: ein ungebändigter voralpiner Wildfluss? Diese Zeiten sind längst vorbei: Nicht nur der Hochwasserschutz hat den Fluss verändert. Das Wasser der Alz wird von den Menschen intensiv genutzt: Die Anrainer-Gemeinden leiten ihre geklärten Abwässer in die Alz ein, ebenso die Unternehmen. Sie benötigen zudem große Wassermengen für ihre Produktion, vor allem als Kühl- und Prozesswasser. Mehrere Kanal-Ausleitungen zweigen deshalb am Unterlauf der Alz einen Teil des Wassers ab, so dass im ursprünglichen Flussbett deutlich weniger Wasser fließt. Mehrere Wasserkraftwerke nutzen die Alz darüber hinaus, um elektrische Energie zu erzeugen.

Durch das Bevölkerungswachstum, die Industrialisierung und die intensive Landwirtschaft wurden immer mehr Abwässer in die Alz geleitet. In den 1960er Jahren war die Wasserqualität deshalb so schlecht, dass viele Tier- und Pflanzenarten ausstarben.
Besonders ab den 1970er Jahren investierten sowohl Gemeinden als auch Unternehmen in immer leistungsfähigere Kläranlagen und die Wasseraufbereitung. Im Werk Gendorf wurde z. B. 1973 die Kläranlage in Betrieb genommen. Es folgten gewaltige Investitionen in die Verbesserung der biologischen Reinigung durch eine optimierte Belüftung sowie der Bau einer neuen Vorklärung, um die Reinigungsleistung weiter zu verbessern. Durch die gemeinsamen Anstrengungen von Gemeinden und Industrie stieg die Wasserqualität der Alz seit den 1970er Jahren kontinuierlich und die Artenvielfalt nahm wieder zu. Heute haben sich sogar wieder Edelkrebse zwischen Emmerting und Burgkirchen angesiedelt, die nur in besonders reinem Wasser heimisch sind. Darüber hinaus tummeln sich laut einem Fischmonitoring 16 verschiedene Fischarten in der Alz.

Auch wenn die Wasserqualität der Alz sich in den letzten Jahrzehnten verbessert hat, führten menschliche Eingriffe dazu, dass das Ökosystem Alz immer noch leidet. Der Fluss wurde teilweise begradigt, Auen wurden trockengelegt. Staustufen und Dämme behindern Fische bei ihren Wanderungen. Die Mitgliedsunternehmen des Vereins Naturnahe Alz wollen mithelfen, diese Fehler der Vergangenheit zumindest teilweise zu beheben. Durch eine Renaturierung soll dem Fluss wieder mehr Raum gegeben werden, um das Ökosystem Alz zu stärken.