Durch das Bevölkerungswachstum, die Industrialisierung und die intensive Landwirtschaft wurden immer mehr Abwässer in die Alz geleitet. In den 1960er Jahren war die Wasserqualität deshalb so schlecht, dass viele Tier- und Pflanzenarten ausstarben.
Besonders ab den 1970er Jahren investierten sowohl Gemeinden als auch Unternehmen in immer leistungsfähigere Kläranlagen und die Wasseraufbereitung. Im Werk Gendorf wurde z. B. 1973 die Kläranlage in Betrieb genommen. Es folgten gewaltige Investitionen in die Verbesserung der biologischen Reinigung durch eine Bodenbelüftung sowie der Bau einer neuen Vorklärung, um die Reinigungsleistung weiter zu verbessern. Dadurch stieg die Wasserqualität der Alz seit den 1970er Jahren kontinuierlich und die Artenvielfalt nahm wieder zu. Heute haben sich sogar wieder Edelkrebse zwischen Emmerting und Burgkirchen angesiedelt, die nur in besonders reinem Wasser überlebensfähig sind. Darüber hinaus tummeln sich laut einem Fischmonitoring 16 verschiedene Fischarten in der Alz.